Jinotega ligger i de centrale bjerge i landet, 160 km og ca. 3,5 timers kørsel fra Managua. Byen ligger i en dal omgivet af de smukke bjerge, nogle dækket af fyrretræer, andre af tågeregnskov. Byen er som Matagalpa beliggende midt i kafferegionen. Efter sigende kommer den bedste kvalitet af centralamerikansk kaffe netop fra denne by.